Per conservare le cipolle a lungo, devono essere poste in locali bui. Il solo orientamento dei bulbi con le radici verso l’alto rappresenta un accorgimento che si può adottare per rallentare la germogliazione, ma che ha effetti abbastanza limitati.
Nei magazzini di conservazione a livello professionale si tengono le cipolle al buio e in ambienti controllati dal punto di vista termico e ben ventilati, alla temperatura di 0 °C e con umidità non superiore al 70%. In queste condizioni le cipolle si possono mantenere per 5-6 mesi e più, con cali di peso molto limitati.
Infine si consiglia di disporre i bulbi in cassettine, dopo che sono stati fatti ben asciugare, in un solo strato e distanziati gli uni dagli altri per consentire la migliore ventilazione possibile e quindi evitare o limitare la formazione di marciumi che, in ambienti di conservazione talora poco idonei, possono colpire con frequenza.